Kisah berpusat kepada 2B, 9S, dan A2 yang tengah bertempur untuk memperebutkan kembali Distopia yang tengah dikuasai oleh para mesin jahat. Karena hal ini, seluruh umat manusia harus meninggalkan bumi dan mencari tempat tinggal baru. Guna mengambil kembali tempat tinggal mereka, manusia mengirimkan tentara Android atau robot guna mengalahkan mesin jahat. Karena hal ini, perang antara para mesin dan juga Android kini tak terhindarkan lagi. Mampukah 2B dan rekan-rekannya kembali mengambil Bumi? Tonton juga kelanjutannya, NieR:Automata Ver1.1a Part 2.